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[I2S]How to generate data and train Image2SMILES

ML.chang 2020. 8. 31. 17:10

DECIMER소스코드를 보다가 

train_images가 어떻게 생성되는지 알 필요가 있었다. github를 참고하니 아래와 같았다.https://github.com/Kohulan/DECIMER-Image-to-SMILES

 

Kohulan/DECIMER-Image-to-SMILES

The repository contains the network and the related scripts for auto-encoder based Chemical Image Recognition - Kohulan/DECIMER-Image-to-SMILES

github.com

 

You can generate your images using SDF or SMILES.

The DECIMER Java repository contains the scripts used to generate images that were used for training in our case.

You simply have to clone the repository, get the CDK libraries, and use them as

referenced libraries to compile the scripts you want to use

 

javac와 java의 차이가 뭔가? .java를 붙여야하냐, 안붙여도 되냐의 차이?ㄴㄴ --> javac로 class를 만들고 java로 실행한다
?

 

The javac command is used to compile Java programs, it takes .java file as input and produces bytecode. Following is the syntax of this command.
       >javac sample.java
The java command is used to execute the bytecode of java. It takes byte code as input and runs it and produces the output. Following is the syntax of this command.
      >java sample

https://linuxize.com/post/install-java-on-ubuntu-18-04/

 

How to Install Java on Ubuntu 18.04

This tutorial describes how to install OpenJDK as well as Oracle Java on Ubuntu 18.04. Java is one of the most popular programming languages in the world, used for building different types of cross-platform applications.

linuxize.com

이를 참고해서 javac설치

 

https://zeddios.tistory.com/41

 

JAVA ) 오류: 기본 클래스 ...을(를) 찾거나 로드할 수 없습니다.

안녕하세요! 오늘은 무시무시한 오류.. 오류: 기본 클래스 ...을(를) 찾거나 로드할 수 없습니다. 에 대해서 알아보려고 해요!  사실 이 전글에서 컴파일 하는데도 이 오류때문에.. 한참을 헤맸답�

zeddios.tistory.com

이를 참고해서 오류 해결

 

e.g:

javac -cp cdk-2.3.jar:. SmilesDepictor.java

# Compiling the script on your local director

 

java -cp cdk-2.3.jar:. org.openscience.decimer.SmilesDepictor

# Run the compiled script.

 

근데  왜 안되는 거지?

 

 

경로를 바꿔도 안된다..